Forschungsbericht 2005



Post-translationelle und post-transkriptionelle Prozesse zur Modifizierung der Qualität und Quantität industriell relevanter Enzyme

Institut: Technische Biokatalyse
Projektleitung: Prof. fil. Dr. Volker Kasche
Stellvertretende Projektleitung: Dr.rer.nat. habil. Zoya Ignatova
Mitarbeiter/innen: Dr. Boris Galunsky, Dr.rer.nat. habil. Zoya Ignatova, Uta Naefken, Dipl. Biochem. Nils Punckt
Projektnummer: E.2-10.002
Laufzeit: 01.08.1986 - 31.08.2005
Finanzierung:
  • TUHH
  • DFG
  • DAAD


 

Wiss. Kontakte und Kooperationen: Structural Biology Laboratory, University of York, UK; Institut für Bioprozess- und Bioverfahrenstechnik, TUHH; ITQB Univesidade Nova de Lisboa

Am Beispiel bakterieller Penicillinamidase werden phenomenologische ausbeutelimitierende Prozesse, wie mRNA-Stabilität und mRNA-Abbau, intrazelluläre Proteolyse des Prekursors, Translokation durch die Cytoplasmamembran, autokatalytische Maturation, produktive Faltung und nicht-produktive Aggregation, Bindung von Kationen, untersucht.

Durch gezielte Mutagenesen (site-directed mutagenesis) hat es im Rahmen unserer bisherigen Arbeiten gelungen, den Prozessierungsmechanismus der PA von Escherichia coli zu blokieren und unprozesierten Prekursor in preparativen Mengen mittels Affinitätschromatographie zu isolieren, um den posttranslationalen Prozesierungsweg zu klären. Die autoproteolytische Aktivierung und der Transport des PA-Prekursors durch die Cytoplasmamembran ist daher als Konkurenzreaktion zur cytoplasmatischen Aggeragation und proteolytischen Degradation anzusehen, wobei 80% des synthetisierten Vorläuferproteins abgespaltet wird. Die intramelekulare Pro-Sequenz dient als interner Faltungskatalysator und katalysiert die produktiven Faltung der gesamten Proteinmoleküls. Fragmente vom partiell autokatalytisch abgespalteten Pro-Peptid aktivieren die mature PA and mit Hilfe gezielter Mutagenese konnten einige dieser Spaltestellen blockiert werden und somit die Penicillinamidasen mit erhöhter Aktivität erzeugt werden. Durch Expressionen unter depletierten Translokationsbedingungen wurde es möglich, den Exportmechanismus von E. coli PA durch die cytoplasmatische Membran zu identifizieren und als Tat-abhängig zu gliedern.Das nicht an katalytischen Mechanismus beteiligte Ca-cation verringert deutlich die Ausbeute an aktivem Enzym falls nicht ausreichend im Nähmedium während der Biosynthese vorhanden.

Mit Hilfe der gentechnischen Konstruktionen wurde es möglich, neuen PA-Varianten (Hybridgenen) zu klonieren und zu exprimieren, in denen A- und B-Peptid-kodierende DNA-Sequenzen verschiedener Species miteinander kombiniert wurden, um bestimmte Eigenschaften der PA im Hinblick auf eine optimalere Anwendung des Enzyms als Biokatalysator zu verändern.

Weitere Informationen zu diesem Forschungsprojekt können Sie hier bekommen

 

Publikationen
  • 2-10.001P
    Kasche, V., Ignatova, Z., Galunsky, B. (2004) Gentechnisch veränderte Penicillinamidase und Verfahren zu ihrer Herstellung. DE 102 51 747 A1, 19.05.2004.
  • 2-10.002H
    Z. Ignatova (2004) Post-trnascriptional and post-translational processes for regulation of protein function, activity and yield. TUHH.
  • 2-10.007D
    Elke Piotraschke: Untersuchungen zur Prozessierung der Penicillin G-Amidase aus Escherichia coli ATCC 11105, TUHH 1995
  • 2-10.017D
    Stefan Taruttis: Proteilytische Prozessierung und enzymatische Charaktrisierung natürlicher und rekombinanter Penicillinamidasen in Escherichia coli, 1997, Schaker Verlag, ISBN 3-8265-3239-2, Aachen, 1997
  • 2-10.028D
    Zoya Ignatova: Penicillin amidase a model system to study the post-translational processing influencing the yield of periplasmic enzymes, TUHH 2001
  • 2-10.129V
    V.Kasche, B.Galunsky, A.Nurk, E.Piotraschke, A.Rieks (1996) The dependency of the stereoselectivity of penicillin amidase-enzymes with R-specific S1- and S-specific S1¿-subsites on temperature and primary structure Biotechnol. Lett. 18, 455-460
  • 2-10.138V
    Z.Ignatova, S.Stoeva, B.Galunsky, C.Hörnle, A.Nurk, E.Piotraschke, W.Voelter, V.Kasche (1998) Proteolytic processing of penicillin amidases from Alcaligenes faecalis cloned in E.coli yields several active forms Biotechnol. Lett. 20, 977-982
  • 2-10.146V
    L.Hewitt, V.Kasche, K.Lummer, A.Rieks, K.Wilson (1999) Crystalisation of a precursor penicillin acylase from Escherichia coli Acta Crystallogr. 55, 1052-1054
  • 2-10.147V
    V. Kasche, K. Lummer, A. Nurk, E. Piotraschke, A. Rieks, S. Stoeva, W. Voelter (1999) Intramolecular autoproteopysis initiates the maturation of penicillin amidase from E. coli Biochim. Biophys. Acta 1433, 76-86
  • 2-10.149V
    Z. Ignatova, S.-O. Enfors, S. Hobbie, S. Taruttis, C. Vogt, V. Kasche (2000) The relative importance of intracellular proteolysis and transport on the yield of the periplasmic enzyme penicillin amidase in Escherichia coli Enzyme Microb. Technol. 26, 165-170
  • 2-10.168V
    Z. Ignatova, S. Taruttis, V. Kasche (2000) Role of the intracellular proteolysis in the production of the periplasmic enzyme penicillin amidase in Escherichia coli Biotechnol. Lett. 22, 1727-1732
  • 2-10.173V
    L. Hewitt, V. Kasche, K. Lummer, R.J. Lewis, G.N. Murshudov, G.G. Dodson and K.W. Wilson (2000) Structure of slow processing precursor penicillin acylase from Escherichia coli reveals the linker peptide blocking the active site cleft J. Mol. Biol. 302, 887-898
  • 2-10.177V
    Z. Ignatova, S.-O. Enfors, M. Hobbie, S. Taruttis, C. Vogt, V. Kasche (2001) The relative importance of intracellular proteolysis and transport on the yield of the periplasmatic enzyme penicillin amidase in Escherichia coli Enzyme Microb. Technol. 26, 165-170
  • 2-10.186V
    Z. Ignatova, C. Hörnle, A. Nurk, V. Kasche (2002) Unusual signal peptide directs penicillin amidase from E. coli to the Tat translocation machinery Biochem. Biophys. Res. Comm. 291, 146-149
  • 2-10.188V
    Z. Ignatova, A. Mahsunah, M. Georgieva, V. Kasche (2003) Improvement of post-translational bottlenecks in the production of penicillin amidase in recombinant E.coli strains. Appl.Environ.Microbiol. 69, 1237-1245
  • 2-10.192V
    V. Kasche, B. Galunsky, Z. Ignatova (2003) Fragments of pro-peptide activate mature penicillin amidase of Alkaligenes faecalis. Eur. J. Biochem. 270, 4721-4728
  • 2-10.196V
    Z. Ignatova, L. Gierasch (2004) Monitoring protein stability and aggregation in vivo by real-time fluorescence labelling. Proc. Natl. Acad. Sci. 101, 523-528.
  • 2-10.212V
    Kasche, V., Ignatova, Z., Märkl, H., Plate, W., Punckt, N., Schmidt, D., Ernst, B (2005) Ca2+ is required for transport and maturation and is yield determining factor in high cell density fermentations of penicillin amidase. Biotechnol. Prog. 21, 432-438.
  • 2-10.213V
    Ignatova, Z., Wischnewski, F., Notbohm, H., and Kasche, V. (2005) Pro-sequence and Ca2+-binding: implications for the folding and activity of penicillin amidase. J. Mol. Biol. 348, 999-1014.
  • 2-10.214V
    Viegas, S., Schmidt, D., Arraiano, C.M., Kasche, V. and Ignatova, Z. (2005) Increased stability of penicillin amidase mRNA in RNase deletion strains is differently sequestered at post-translational level. FEBS Lett. 579, 5069-5073.
  • 2-10.215V
    Ignatova, Z. and Gierasch, L.M. (2005) Aggregation of a slow-folding mutant of a beta-clam protein proceeds through a monomeric nucleus. Biochemistry 44, 7266-7274.
  • 2-10.216V
    Ignatova, Z. (2005) Monitoring protein stability in vivo. (Review) Microb. Cell. Fact. 4, 1-6.
  • 2-10.217V
    Martinez-Perez, I.M., Ignatova, Z., Zhang, G. and Zimmermann, K.-H. (2005) Solving the Hamiltonian path problem via DNA hairpin formation. Int. J. Bioinformatics Res. Appl. 1, 389-398.