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Linuxcluster Apis

Hardwarekonfiguration

Das Linuxcluster Apis ist eine SGI Altix XE mit 36 Rechenknoten und einem Loginknoten. Die Rechenknoten sind mit Gigabit vernetzt und mit 8 oder 12 Cores ausgestattet. Dabei handelt es sich um Intel Xeon X5560 (Quad Core/Hexa, Nehalem) Prozessoren in n001-n016 und Intel Xeon X5675 (Hexa Core, Nehalem) Prozessoren in d001-d016. Die Hauptspeicherausstattung variert von 24 GB bis 96 GB.

Die Knoten n001 - n016 wurden aus Mitteln eines WAP-Antrages beschafft und stehen den finanzierenden Instituten exklusiv zur Verfügung. Das Batchsystem PBSpro sorgt automatisch dafür dass nur Jobs berechtigter Nutzer auf diesen WAP-Knoten landen können.

Knoten CPUs RAM Bemerkung
PBSpro
Cores Freq.
apis 2× 4 2,8 GHz 24 GB Login-Knoten
n001 2× 4 2,8 GHz 48 GB core = quad
mem_per_core=sechs
os=sles
. . .
n010
n011 2× 4 2,8 GHz 24 GB core = quad
mem_per_core=drei
os=sles
. . .
n016
n017 2× 4 2,8 GHz 48 GB core = quad
mem_per_core=sechs
os=sles
n018 2× 4 2,8 GHz 96 GB core = quad
mem_per_core=zwoelf
os=sles
n019
n020 2× 4 2,8 GHz 48 GB core = quad
mem_per_core=sechs
os=sles
. . .
n022
n023 2× 4 2,8 GHz 32 GB core = quad
mem_per_core=vier
os=sles
. . .
n026
n027 2× 4 2,8 GHz 48 GB core = quad
mem_per_core=sechs
os=sles
n028
n029 2× 4 2,8 GHz 32 GB core = quad
mem_per_core=vier
os=sles
n030
n031 2× 6 2,8 GHz 72 GB core = hexa
mem_per_core=sechs
os=sles
. . .
n036
d001 2× 6 3,06 GHz 72 GB core = hexa
mem_per_core=sechs
os=rhel
. . .
d016
data 2× 4 2,533 GHz 24 GB Fileserver für alle Parallel-Rechner
mit 22 TByte Plattenplatz
 

Software

Rechnerzugang

  • Benutzerkennung :
    • Die gemeinsame Zugangsberechtigung für alle Parallelrechner am RZ (SGI Altix, Linuxcluster Hali), wird mit dem Benutzerantrag (PDF, Webformular) beantragt: Compute-Server (parallel) ankreuzen.

  • Zugangsrechner
    • Auf dem Loginknoten apis.rz.tu-harburg.de, kann interaktiv gearbeitet werden, alle anderen Knoten sind über das Batchsystem erreichbar (Interaktive Batchjobs: qsub -I).
    • Einloggen nur über SSH (Linux: ssh username@apis.rz.tu-harburg.de, Windows: z.B. mit putty), Datenübertragung mit scp oder sftp. Mehr zum Thema auf den RZ-Seiten zu ssh.

  • Homeverzeichnis
    • Das Homeverzeichnis wird vom Fileserver gemountet und ist auch auf SGI Altix, Linuxcluster Hali und den RZ-Poolrechnern Homeverzeichnis,
    • Standardquotas: 2 GB Soft- und 3 GB Hardlimit (können bei Bedarf erhöht werden),
    • langsamer Speicher vor allem für wichtige Daten, die gesichert werden müssen.

  • Lokale Festplatten /usertemp
    • Jeder Knoten hat eigene Festplatten. Im Pfad /usertemp findet jeder Nutzer einen persönlichen Bereich.
    • Der Pfad /usertemp lautet auf allen Knoten gleich, zeigt aber jeweils auf die lokale Festplatte. Jeder Knoten sieht nur seinen eigenen /usertemp-Bereich.
    • Daten im /usertemp-Bereich werden nicht im Backup gesichert und werden nach 14 Tagen Inaktivität sowie nach einem Reboot des Knotens gelöscht.
    • Als schneller Speicher für Arbeitsverzeichnisse.

  • Globale Festplatte /data für Cluster und Compute-Server
    • Der Pfad /data das auf allen Cluster-Knoten und dem Compute-Server (altix4) per NFS sichtbar.
    • Langsamer als lokales /usertemp, schneller als das Homeverzeichnis.
    • Daten im /data-Bereich werden nicht im Backup gesichert.
    • Lösch-Aktivitäten werden erst bei 80% Füllgrad gestartet und bei ca. 70% wieder gestoppt. Es sollen die ältesten Daten gelöscht werden.
    • Kompromiss zwischen Home (überall sichtbar, sicher, langsam, quotiert) und lokaler Festplatte (nur lokal sichtbar, schnell).

  • Globale Festplatte /apistemp
    • Am Loginknoten apis liegt auf der lokalen Festplatte neben dem Verzeichnis /usertemp auch das Verzeichnis /apistemp, das auf allen Apis-Knoten per NFS sichtbar ist.
    • Langsamer als lokales /usertemp, schneller als das Homeverzeichnis.
    • Daten im /apistemp-Bereich werden nicht im Backup gesichert und nach 14 Tagen Inaktivität gelöscht (nicht aber bei Knoten-Reboot).
    • Kompromiss zwischen Home (überall sichtbar, sicher, langsam, quotiert) und lokaler Festplatte (nur lokal sichtbar, schnell).

Ansprechpartner am Rechenzentrum

Liste der Ansprechpartner für die Compute-Server