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Arbeiten mit FEM-Programmpaketen auf den Compute Servern des RZ

Allgemeines zum Batchsystem

Auf den Compute Servern des RZ stehen die FEM-Programmpakete

zur Verfügung.

Auf den Compute Servern SGI Altix und Hali sollen Jobs möglichst über das Batchsystem PBSpro abgearbeitet werden. Kommandos des PBSPro-Batchsystems sind

  • qsub: Job abschicken,
  • qdel: Job löschen,
  • qstat -a: Übersicht aller laufender und wartender Jobs.

Mit Fragen zum Batchsystem können Sie sich gerne an Markus Stammberger wenden!

Das Module-Konzept

Auf dem Harburger Linux-Cluster und auf SGI Altix ist ein Module-Konzept implementiert, über das die speziellen Umgebungen für die dort installierten Anwendungen gesetzt wird. Dieses Prinzip muss auch beim Absetzen eines Batchjobs beachtet werden. Dies soll am Beispiel eines MARC-Batchjobs verdeutlicht werden.

Bourne-Shell Beispiel:

Die Ressourcenanforderungen und die Kommandos für den Batchjob werden in die Datei run_marc_batch geschrieben. Inhalt von run_marc_batch könnte sein: 

#!/bin/sh
#
#PBS -M mailadresse@tu-harburg.de
#PBS -l ncpus=1
#PBS -l walltime=24:00:00

. /etc/profile.d/module.sh 
module add marc
#
# ins MARC Arbeitsverzeichnis wechseln und MSC-MARC starten
cd  $HOME/marcdir
marc2007 -jid jidname -user userfile -sdir $TEMPDIR/marc -ver no

Hinweise zu MARC

  • Die Option -ver no beim MARC-Aufruf ist absolut notwendig!! Die permanente Nachfrage bei "-ver yes", ob die angegeben Parameter stimmen, wird als Mail über's Netz geschickt und müllt damit den Mail-Server zu. Deshalb ist im Compute Server Cluster "-ver no" voreingestellt.
  • Die MARC-Option -q für die Angabe der Queue kann nicht benutzt werden!

Hinweise zu interaktiven Anwendungen

Damit auch interaktive Programme (I-DEAS, ANSYS, MENTAT) in einer Batchqueue abgearbeitet werden können, muss zunächst als Batch-Job ein xterm-Fenster aufgemacht werden. Das geht mit 

qsub -I -V

Für diese Anwendung gelten dann die Beschränkungen der Queue und nicht die für interaktive Jobs. Es kann auf dem Linuxcluster Hali Probleme bereiten, die Grafik zu exportieren, denn der Batchjob wird auf einem anderen Rechenknoten als dem Loginknoten abgearbeitet, die Authentifizierung mit ssh -X gilt aber nur für den Loginknoten. Es liegt u.a. an der Einstellung Ihrer lokalen Firewall, ob Grafik exportiert werden kann.